In de penitentiaire inrichting waar u of uw naaste verblijft, heeft u ook rechten. U kunt klachten indienen tegen beslissing van de Directeur die u raken. Zo kan het gebeuren dat u bijvoorbeeld in de isolatiecel wordt geplaatst vanwege een vechtpartij, of dat u in afzondering op uw cel wordt geplaatst zonder televisie vanwege een positieve urinecontrole. Tegen dergelijke beslissingen van de officier van justitie kan geklaagd worden bij de commissie van toezicht van de desbetreffende penitentiaire inrichting.
Ook ten aanzien van kwesties omtrent verlof en vrijheden kan geklaagd worden. Belangrijke regels staan opgesomd in de Penitentiaire Beginselenwet en de European Prison Rules. Uiteindelijk kunt u tegen de beslissing op bezwaar in beroep gaan bij de Raad voor de Strafrechtstoepassing en Jeugdbescherming.